A Malacologia é a ciência que se dedica ao estudo dos moluscos. Esta sala, aberta ao público em Setembro de 1986, exibe mais de 600 espécies de exemplares da fauna malacológica da costa portuguesa, dispostos por ordem sistemática actualizada e com carácter didáctico.

É muito procurada por apreciadores e coleccionadores de conchas que aqui encontram uma preciosa ajuda para a identificação das suas próprias colecções.